Род Годуновых выдвинулся на первый план в бурные годы опричнины при Иване Грозном. Дмитрий Иванович, воевода и шурин царя Фёдора Иоанновича, стал фактическим правителем государства при этом кротком государе. Его сестра Ирина, жена царя, была женщиной умной и влиятельной.
После кончины бездетного Фёдора Земский собор избрал на царство самого Бориса. Начало его правления было отмечено мудрыми шагами, но затем страну поразили страшные неурожаи и голод. Народная молва винила во всём царя, а появление самозванца, выдававшего себя за чудом спасшегося царевича Дмитрия, окончательно поколебало престол. Смерть Бориса в 1605 году оставила трон его юному сыну Фёдору, но тому не суждено было долго удержаться у власти.
Падение династии было стремительным и трагическим. Фёдор Борисович и его мать были убиты сторонниками Лжедмитрия I. Сестра царя, Ксения, пережила унижения и была насильно пострижена в монахини. Смутное время, которое во многом было спровоцировано пресечением царской ветви Годуновых, поглотило и саму эту семью.
Однако их род не исчез бесследно. Некоторые потомки боковых ветвей, например, Никита Васильевич, оставались видными фигурами при дворе. Они служили и новым царям — Василию Шуйскому, а позже, когда на престол взошёл Михаил Романов, некоторые Годуновы вернулись на государственную службу, уже не претендуя на корону, но сохранив положение знатного рода. Их история стала одной из сложных и драматичных глав, предшествовавших утверждению на Руси династии Романовых.